Идея простая до безобразия - интегрировать утилиты diff + patch в Far Plugin. По-простому, без лишних опций. Аналог вызова diff для обычных файлов "diff -up old new". Для патча, давать возможность сохранения резервной копии всего дерева, которое будет патчиться в другую директорию. Проверять, что все файлы можно открыть на запись перед патчем и выводить статистику апасля.
Желательно, чтобы была возможность в будущем подключать разные альтернативные форматы патчей.