Аргументы против опции:
Предлагаю реформировать систему в целом:
- Настройки сохранять не как сейчас (все скопом на выходе), а сразу после применения.
- Ту часть настроек, (авто)сохранение которых может быть нежелательным, выделить в отдельный класс [Mantis:1969].
Это касается текущего состояния панелей (типа текущая папка+режимы сортировки/отображения+фильтры).
Для них сделать отдельную опцию, например [ ] Auto save current folders или [ ] Auto save panels state. - Понятие user заменить на более общее configuration profile.
Дать возможность сохранять/восстанавливать профиль из интерфейса (сейчас это возможно только из командной строки, и не совсем так) - После всего этого опцию [ ] Auto save setup можно смело ликвидировать.
А если и нет, то по крайней мере по умолчанию она должна быть включена.
P.S.
Смежная тема: Стратегия сохранения настроек